Little Busters! nos cuenta el día a día de Riki Naoe, un huérfano que se quedó sin nada tras la muerte de sus padres. Pero fue entonces cuando conoció a los Little Busters, un grupo de amigos que enseguida lo aceptaron como a uno más. El líder del grupo es Kyousuke Natsume, un hombre capaz de convertir cada tarea de la vida en una misión a vida o muerte. A éste lo siguen su hermana Rin, una amante de los gatos y extremadamente tímida; Masato, un cabezahueca fan de los músculos; Kengo, el punto de seriedad del grupo, y el propio Riki. Ahora, los Little Busters se han hecho mayores y todos están en segundo de bachiller, menos Kyousuke, que está en tercero, y para aprovechar sus últimos días de juventud, juntos dedicen montar un club de béisbol. Pero necesitan miembros, así que Riki y los suyos tendrán que ingeniárselas para traer nuevos miembros al club. Además, Riki tiene una enfermedad crónica del sueño que hace que se quede dormido en cualquier momento y siempre ha vivido protegido por Kyousuke. ¿Podrá hacerse fuerte y llegar a valerse por sí mismo mientras disfruta de los últimos días que pasarán todos juntos en el instituto? ¿Logrará, además, llegar a descubrir “el secreto del mundo” que le rodea...?